بررسی اثر توزیع اثر qtl بر صحت ارزیابی ژنومی با روش bayesian
thesis
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی
- author نازنین محمودی
- adviser محمود هنرور احمد آیت اللهی مهرجردی علی اسماعیلی زاده
- publication year 1392
abstract
در این مطالعه ژنومی متشکل از 10 کروموزوم هر یک به طول 200 سانتی¬مورگان شبیه¬سازی شد. نشانگرها بر روی ژنوم با فواصل 2/0 سانتی¬مورگان طراحی شدند و جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات بر روی ژنوم با توزیع تصادفی و تعداد متغیر شبیه¬سازی شدند و تنها اثرات افزایشی ژنها در نظر گرفته ¬شد. در ابتدا جمعیت پایه¬ای از حیوانات با اندازه مؤثر 100 (50 نر و 50 ماده) شبیه¬سازی شد و این ساختار جمعیتی برای 50 نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و qtl ایجاد شود. پس از این اندازه جمعیت به 1000 فرد در نسل 51 (نسل مرجع) گسترش یافت. در نسل مرجع از اطلاعات ژنومیک و فنوتیپی اثرات نشانگری محاسبه گردید. در نسل 52 تا 57 (نسل هدف) ارزش اصلاحی ژنومی محاسبه شد. هدف از این تحقیق بررسی اثر سه توزیع کایاسکور، بتا و گاما به طور جداگانه بر صحت ارزیابی ژنتیکی و صحت انتخاب بود. در همه توزیع¬ها، با گذشت نسل¬ها از زمان برآورد اثرات نشانگری صحت برآورد ارزش های اصلاحی کاهش یافت. نتایج نشان داد که هر چه از جمعیت مرجع دور می¬شویم با افزایش نسل¬ها از نسل 51 به 57 صحت برآورد ارزش¬های اصلاحی ژنومی کاهش می¬یابد. همچنین وراثت پذیری بالا (2/0) نسبت به وراثت پذیری پایین (05/0) در تعداد qtl مشابه در نسل¬های 51 تا 57 از صحت بیشتری برخوردار می¬باشد. در مقایسه توزیع ها در وراثت پذیری پایین با تعداد 20، 50 و 100qtl، بترتیب توزیع گاما 4 (shape=0.4 , scale=1.66)، توزیع گاما 1 (shape=1.48 , scale=11.2) و توزیع بتا 2 (shape1=3.11 , shape2=1.16)و در وراثت پذیری بالا با تعداد 50 و 100 qtl توزیع گاما 5 (shape=0.4 , scale=1) در هر دو روشlasso و ridge برتری داشتند. با چهار تعداد ژن عمده اثر (10،20، 50و100) تعداد 50 و توزیع اثرات گاما باعث افزایش صحت برآوردها می¬شوند.
similar resources
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textمطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP
انتخاب ژنومی، روشی برای پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ‌کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می‌کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrBLUP بود. صفات با وراثت‌پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیه‌سازی شد. ژنوم شبیه‌سازی‌شده دارای25 جفت ک...
full textبررسی اثر تعداد qtlو تراکم نشانگری بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روش بیزی
در روش های ارزیابی و انتخاب حیوانات بر اساس اطلاعات فنوتیپی، نیاز اساسی در برآورد صحیح ارزش های اصلاحی وجود رکوردهای دقیق از صفات مورد نظر است. با گسترش ژنتیک مولکولی، امکان استفاده از اطلاعات در سطح dna و نشانگرهای ژنتیکی جهت برآورد صحیح تر ارزش-های اصلاحی و بهبود ژنتیکی سریعتر دام ها فراهم شده است. در این مطالعه جهت برآورد صحت ارزش های اصلاحی واقعی و برآورد شده از دو روش استنباط بیزی لاسو و ر...
15 صفحه اولMy Resources
document type: thesis
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023